Высшим руководящим органом Ассоциации является Общее Собрание, которое проводится, как правило, 1 раз в полгода.

В период между Общими собраниями деятельностью Ассоциации руководит Совет МАРАП во главе с Президентом Ассоциации. Заседание Совета МАРАП проводится, как правило, 1 раз в квартал.

Ассоциация имеет 16 региональных отделений , охватывающих все без исключения субъекты федерации России, и 4 представительства (отделения) МАРАП в странах ближнего и дальнего зарубежья - в Республике Беларусь, Латвии, Великобритании и Германии.

При Ассоциации созданы Третейский суд для разрешения экономических споров, Юридическое агентство МАРАП.

Членами Ассоциации являются руководители авиапредприятий (авиационных компаний, аэропортов, предприятий по управлению воздушным движением, заводов гражданской авиации, агентств воздушных сообщений, научно-исследовательских организаций, учебных заведений, предприятий инфраструктуры гражданской авиации, ассоциаций) Российской Федерации и зарубежных стран вне зависимости от их организационно-правовой формы и форм собственности, осуществляющих свою деятельность в сфере гражданской авиации.

Состав директорского корпуса МАРАП